《洞洞杂货店》是一部充满奇思妙想的治愈奇幻漫画。与《洞洞杂货铺》不同，这里的主角是能看见“灵魂”的少年小海，他继承了一家据说能通往“异界”的破旧杂货店。来店里的顾客，要么是迷路的异界生灵，要么是带着强烈执念的人类。小海通过帮助他们寻找能连接两个世界的“洞”——可能是一个旧碗、一面镜子、或一束光，来引导他们完成心愿，自己也逐渐理解了生死与离别的真谛。
小海关上店门，将杂货店彻底转型为一家“解忧驿站”。他不再只是寻找“洞”，而是帮助人们在自己心里凿开一个洞，让思念和爱，能够自由地流淌进去。
一位老爷爷来到店里，说他能看到死去的新娘在镜子里哭泣。小海发现，那面镜子是新娘的遗物，“洞”在新娘未能说出口的“我愿意”三个字中。他帮老爷爷完成了这场跨越生死的婚礼。
一个聋哑女孩抱着一只破碗来到杂货店，她能在碗里看到一片蔚蓝的海洋。小海发现这碗来自一个水手的遗物，那个水手是女孩从未谋面的父亲。“洞”连接着她素未谋面的故乡。
一位画家临死前将一幅画送到杂货店，画中有一扇虚掩的木门。小海触摸画作，发现自己能走进画里，门后是他已经去世多年的母亲。他终于有机会和母亲好好道别。
一只受伤的、只有小海能看见的光之精灵掉进了杂货店。小海为了送它回家，第一次主动去打开连接异界的“洞”，却差点被洞那边的黑暗吞噬。
小海继承杂货店的第一天，一个浑身湿透的小女孩跑进来说：“求求你，我的小狗掉进水里了。”小海在店里胡乱翻找，最后在墙角的裂缝里，听到了小狗的叫声。